自動進樣器可以在無人照看的情況下進行連續自動進樣工作，對于進樣樣品的基本要求是無微粒和其他能阻塞針頭、連接管路和進樣閥的物質。在進行樣品制備的時候，要在光線下檢查樣品有無顆粒、渾濁或乳化的現象，必要時用0.5um的過濾器過濾。
　　樣品介質效應和貯存條件不佳，也會導致實驗結果的準確度差。如鹽水稀釋過的血漿樣品在小瓶中冷凍后融化進樣，振搖小瓶后手動進樣度好，不經振搖自動進樣，峰高逐漸降低。這是因為小瓶冷凍時從頂向下冷凍，因鹽析作用使樣品中的被分析物沉于瓶底，融化后次進樣濃度高，以后瓶中的分析物慢慢擴散，瓶底濃度越來越稀，峰高也越來越低。
　　為了減少色譜峰加寬效應，樣品達到柱之前后稀釋液的強度應小于流動相強度的一半。水溶性混合樣品可直接進樣，如果樣品是從有機溶劑中萃取出來的，則需要進行稀釋。用弱溶劑可使樣品在柱頭濃縮，不會因柱前連接管路使色譜峰變差。
　　使用自動進樣器，大大減輕了色譜使用者的勞動強度，增加了分析的通量和進樣的性。使用自動進樣器，也要注意一些問題和進行一定的日常維護。下面就來講講使用自動進樣器的一些注意事項。
　　1、樣品瓶的使用。樣品瓶蓋要蓋緊，如太松，進樣針穿不透樣品瓶的瓶墊而把其插入瓶內，導致取樣失敗；樣品瓶不要裝得過滿，一般來說瓶內液面應保持在瓶內三分之二高度以下；選用規格標準的樣品瓶，避免取樣出錯或失敗，甚至損傷進樣針。
　　2、針和針座的維護。進樣針容易被樣品瓶的瓶墊碎屑堵塞，取不到樣、采集的圖譜沒有樣品峰，所以要注意選用質量可靠的瓶墊；樣品沒有過濾或樣品溶劑選擇不適，會導致堵塞，發生堵塞后，進入人工操作界面進行人工操作，取下針和針座進行沖洗，排除堵塞。
　　3、傳動部件的維護。自動進樣器傳動部件中的金屬桿和傳輸桿上灰塵積累，會導致運動阻力過大，自動進樣器停止工作。出現這種情況時，進入人工操作界面，設置自動進樣器便于操作的位置，用棉簽蘸酒精或異丙醇反復擦拭金屬桿和傳輸桿，直至表面光潔。